De Charta Oecumenica is een vrucht van de oecumenische assemblées die de Conferentie van Europese Kerken (KEK) en de Raad van Europese Bisschoppenconferenties (CCEE) hebben georganiseerd ter bevordering van de oecumenische samenwerking in Europa. De eerste assemblee vond in 1989 plaats in Basel. De bijeenkomst stond in het teken van het conciliaire proces voor gerechtigheid, vrede en heelheid van de schepping. De tweede assemblee vond in 1997 plaats in het Oostenrijkse Graz en was vooral gericht op het bevorderen van verzoening tussen kerken, volkeren en culturen. In Graz ontstond het initiatief om een handvest op te stellen voor de samenwerking tussen de kerken met een bindend karakter. Don Aldo Giordano, de toenmalige secretaris van de CCEE, heeft een belangrijke rol gespeeld in de totstandkoming van dit handvest dat op 14 april 2001 in Straatsburg door de voorzitters van de CCEE en de KEK werd ondertekend. In de Charta oecumenica verplichtten de kerken zich op alle niveaus van het kerkelijk leven tot de bevordering van een oecumenische cultuur van dialoog en samenwerking.
De Nederlandse oecumenische beweging heeft de totstandkoming van de Charta oecumenica van harte gesteund. Daardoor was het ook mogelijk dat vertegenwoordigers van de lidkerken van de Raad van Kerken op 18 januari 2002 hun handtekening onder de Charta oecumenica plaatsten. De stuurgroep oecumene van het bisdom Groningen-Leeuwarden maakte een vertaling van de Charta oecumenica ter ondersteuning van de plaatselijke oecumene. Het bestuur van de Katholieke Vereniging voor Oecumene nam de De Charta oecumenica over als uitgangspunt voor het beleid.
